一、流動相溶劑瓶的保養
溶劑瓶是流動相的起點，通常是盛放水相溶液或是有機相溶液。
1、水相溶液，對于水相溶液來說，首要的問題是防止污染。對于溶劑瓶我們要做的非常重要的工作就是勤換流動相，常換常新。
2、有機相溶液，對于有機相溶液，可以不用擔心細菌繁殖的問題。但是有機相容易發生聚合，特別是乙腈在適宜的光照條件下極易發生聚合，瓶子里就會出現一些絮狀的聚合沉淀物。為了防止聚合過程的發生，裝乙腈時要用棕色的溶劑瓶，避免陽光直射，更換乙腈時應當棄去瓶底剩余的溶液。
3、清洗過濾，溶劑瓶里的過濾頭，其作用是為了防止溶液瓶中的顆粒雜質進入到儀器的流路系統中，它的材質通常分為玻璃燒結石英和不銹鋼，如果不慎堵塞會造成流動相吸液不暢，因此必須進行清洗，玻璃材質的通常是用稀硝酸泡，而不銹鋼材質的可以直接進行超聲清洗。
泵是液相色譜的核心，泵將流動相從溶劑瓶輸送到液相流路系統中，并要在高壓下保持流量和壓力的穩定。狀態正常的高壓泵是液相色譜準確分析的基礎，所以平日一定要重視對泵的維護。
1、泵壓力波動，很多情況下，泵的問題反映在壓力上，壓力波動又是常見的一類問題。通常我們可以通過重新清洗流路和再次脫氣流動相加以解決。
2、過濾白頭保養，在泵的維護里還有一項常做的工作就是更換清洗閥上的過濾白頭，通常判斷的標準是純水以5mL/min流速清洗的時候，如果壓力超過1MPa則考慮更換。
進樣器分手動和自動兩大類，雖然兩者工作模式不同，但使用的要點是基本一致的。
1、防止交叉污染，自動進樣器常見的問題是交叉污染，交叉污染產生的原因很直接，樣品殘留在進樣針內外表面，并隨下一次進樣進入色譜系統。要解決交叉污染，主要靠清洗。
2、精細操作，手動進樣器的操作要點大致相同，應使用液相色譜LC專用進樣針，進樣時插針應插到底，不使用時將針頭留在進樣器內，使用前后都要及時清洗。
色譜柱是化合物分離的關鍵。保養良好的色譜柱具有很高的塔板數，且儀器基線平穩。
1、避免壓力和溫度的急劇變化及任何機械震動。溫度的突然變化或者使色譜柱從高處掉下都會影響柱內的填充狀況；柱壓的突然升高或降低也會沖動柱內填料，因此在調節流速時應該緩慢進行，在閥進樣時閥的轉動不能過緩（如前所述）。
2、應逐漸改變溶劑的組成，特別是反相色譜中，不應直接從有機溶劑改變為全部是水，反之亦然。
3、色譜柱反沖，納譜分析小分子分離液相色譜柱ChromCore系列和EcoPak系列色譜柱可以反沖；納譜分析手性色譜柱UniChiral系列色譜柱可以反沖，反沖可以除去留在柱頭的雜質。但是納譜分析生物大分子液相色譜柱BioCore系列色譜柱不要反沖，否則反沖會迅速降低柱效。
4、選擇使用適宜的流動相（尤其是pH），以避免固定相被破壞。有時可以在進樣器前面連接一預柱，分析柱是鍵合硅膠時，預柱為硅膠，可使流動相在進入分析柱之前預先被硅膠“飽和”，避免分析柱中的硅膠基質被溶解。
5、避免將基質復雜的樣品尤其是生物樣品直接注入柱內，需要對樣品進行預處理或者在進樣器和色譜柱之間連接一保護柱。保護柱一般是填有相似固定相的短柱。保護柱可以而且應該經常更換。
6、經常用強溶劑沖洗色譜柱，清除保留在柱內的雜質。在進行清洗時，對流路系統中流動相的置換應以相混溶的溶劑逐漸過渡，每種流動相的體積應是柱體積的20倍左右，即常規分析需要50~75ml。
下面列舉一些色譜柱的清洗溶劑及順序，作為參考：
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硅膠柱以正已烷（或庚烷）、二氯甲烷和甲醇依次沖洗，然后再以相反順序依次沖洗，所有溶劑都必須嚴格脫水。甲醇能洗去殘留的強極性雜質，已烷使硅膠表面重新活化。
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反相柱以水、甲醇、乙腈、一氯甲烷（或氯仿）依次沖洗，再以相反順序依次沖洗。
如果下一步分析用的流動相不含緩沖液，那么可以省略最后用水沖洗這一步。一氯甲烷能洗去殘留的非極性雜質，在甲醇（乙腈）沖洗時重復注射100~200μl四氫呋喃數次有助于除去強疏水性雜質。四氫呋喃與乙腈或甲醇的混合溶液能除去類脂。有時也注射二甲亞砜數次。此外，用乙腈、丙酮和三氟醋酸（0.1%）梯度洗脫能除去蛋白質污染。
陽離子交換柱可用稀酸緩沖液沖洗，陰離子交換柱可用稀堿緩沖液沖洗，除去交換性能強的鹽，然后用水、甲醇、二氯甲烷（除去吸附在固定相表面的有機物）、甲醇、水依次沖洗。
7、保存色譜柱時應將柱內充滿乙腈或甲醇，柱接頭要擰緊，防止溶劑揮發干燥。禁止將緩沖溶液留在柱內靜置過晚上或更長時間。
8、色譜柱使用過程中，如果壓力升高，一種可能是燒結濾片被堵塞，這時應更換濾片或將其取出進行清洗；另一種可能是大分子進入柱內，使柱頭被污染；如果柱效降低或色譜峰變形，則可能柱頭出現塌陷，死體積增大。
在后兩種情況發生時，小心擰開柱接頭，用潔凈小鋼將柱頭填料取出1~2mm高度（注意把被污染填料取凈）再把柱內填料整平。然后用適當溶劑濕潤的固定相（與柱內相同）填滿色譜柱，壓平，再擰緊柱接頭。這樣處理后柱效能得到改善，但是很難恢復到新柱的水平。
柱子失效通常是柱端部分，在分析柱前裝一根與分析柱相同固定相的短柱（5~30mm），可以起到保護、延長柱壽命的作用。采用保護柱會損失一定的柱效，這是值得的。
通常以硅膠為基質的色譜柱，只能在pH2~9范圍內使用。柱子使用一段時間后，可能有一些吸附作用強的物質保留于柱頂，特別是一些有色物質更易看清被吸著在柱頂的填料上。新的色譜柱在使用一段時間后柱頂填料可能塌陷，使柱效下降，這時也可補加填料使柱效恢復。
每次工作完后，用洗脫能力強的洗脫液沖洗，例如ODS柱宜用甲醇沖洗至基線平衡。當采用鹽緩沖溶液作流動相時，使用完后應用無鹽流動相沖洗。含鹵族元素（氟、氯、溴）的化合物可能會腐蝕不銹鋼管道，不宜長期與之接觸。裝在HPLC儀上柱子如不經常使用，應每隔4~5天開機沖洗15分鐘。
五、檢測器的保養
1、光源部分
檢測器中非常重要的部件是光源，光源對發射能量有要求，一旦能量衰減到一定程度，就會出現基線噪聲變大，靈敏度降低等一系列影響使用的問題，因此光源是一個消耗品。通常紫外燈的壽命是2000h，當到達這個時限的時候，我們就要特別關注燈的能量狀況，可以通過儀器維護軟件中自帶的“燈能量測試”功能來判斷，測試的結果會分別評估低、中、高三個波長段的能量，一旦某個波長段的測試結果顯示失敗，就表示需要更換燈。
2、檢測池
檢測器中另一個重要部件是檢測池，也叫流通池。通常大家關心的一個問題是檢測池被堵掉，因為檢測池通常不是很耐壓，所以一旦被堵就很可能造成損壞。事實上檢測池通常不太容易被堵，原因是幾乎所有的顆粒雜質都會被色譜柱攔下了，所以堵塞檢測器的東西基本都不是來自樣品的，很可能是后來“產生”的，比如含鹽流動相殘留在檢測池中導致鹽析出。
六、廢液的處置
液相色譜儀LC的廢液大部分含有有機溶劑，會對人體產生一定的危害，對環境也會產生污染，嚴禁隨意傾倒，應及時處理。目前，國內大部分實驗室是將廢液送到專門的廢液處理站集中進行無害化處理。
